La siguiente etapa lo comenzaremos en la Estación de trenes de Bahía Sur y por la calle Ferrocarril y Polígono Bahía Sur y continuaremos paralelo a la vía del tren hasta llegar a la estación de San Fernando continuaremos pasando por la zona de aparcamiento de la misma estación y a unos cien metros encontraremos un túnel por debajo de la línea férrea que atravesaremos.
Justamente pasado este túnel, y girando a nuestra derecha, retomaremos el Sendero Bahía de Cádiz – Tramo Puerto Real – San Fernando hasta su finalización (aprox.8 km).
A la finalización del sendero giraremos a nuestra izquierda para bordear el nudo de acceso a Puerto Real. Avanzaremos por la Avda. José María Fernández Gómez, calle Algeciras y Real hasta llegar a la Iglesia Mayor Prioral de San Sebastián Mártir, final de la etapa.